SMP Marsudirini didirikan tanggal 28 September 1955 oleh Yayasan Marsudirini milik Suster-suster Santo Fransiskus (OSF) yang berpusat di Jl. Ronggowarsito 8 Semarang. Sejak tanggal 1 Januari 1975 Yayasan Marsudirini Pusat membentuk pengurus Marsudirini Cabang Jakarta, tepatnya di Jl. Matraman Raya No. 129 Jakarta Timur.

 

Tahun Ajaran 1994 - 1995 SMP Marsudirini Kelas I mulai menempati lokasi baru di Jl. Dewi Sartika No. 186 A Cawang. Demikian pula tahun berikutnya kelas I dan II menempati lokasi yang sama tahun 1995 - 1996 dan selanjutnya pengelolaan sekolah dan administrasi dipindahkan ke Jl. Dewi Sartika sampai sekarang.

 

SMP Marsudirini dinyatakan DISAMAKAN sejak Tahun Ajaran 1985/1986 , Sesuai SK Kanwil Depdikbud DKI Jakarta nomor 34/I.0-7/86 tertanggal 14 Januari 1986; SK Depdikbud DKI nomor 191/I.01AI/U/90 tertanggal 24 Maret 1997; SK Kanwil Depdikbud DKI Jakarta nomor 13b/I.01.G/U/1997 tahun1997.

 

Selanjutnya, sesuai dengan peraturan yang baru dengan sistem penilaian yang berkembang, sejak tahun 2003 status sekolah Terakreditasi A

 

Melalui SK Kanwil Depdiknas DKI Jakarta nomor 001/BASI tertanggal 10 November 2003, kualifikasi A dengan nilai 3,6;

 

SK Depdiknas DKI Jakarta nomor Dp.004060/BAN-S/M tertanggal 19 Desember 2007, Terakreditasi A (Amat Baik) dengan nilai 91,72;

 

SK Badan Akreditasi Provinsi Sekolah / Madrasah DKI Jakarta No. DP.020482 tertanggal 22 Oktober 2012, Terakreditasi A (Amat Baik) dengan Nilai 93.